@kido さん
お役に立ててなによりです。
私の方ではMicrobits、RN4020を使った自作デバイス、iOS版LightBlueを使っています。
全部でnotifyが動作することを確認しました。obniz同士の通信でも同じ確認が出来るかもしれませんね。

SDK修正も助かります。お手数ですがご対応いただけますと幸いです。

もう１つ
bleRemoteCharacteristic.jsの最後のほうにあるnotifyFromServer(notifyName, params)で

      case 'onnotify': {
        this.onnotify();
        break;
      }

ここを

      case 'onnotify': {
        this.onnotify(params.data); // <- modify
        break;
      }

こうすることでnotifyのデータが自分のnotify関数に届きます。
notifyを受けてからreadWaitしても値が古かったので調べたところ、これで最新の値が取得できるようになりました。

@Google-Homer さん
@kido さん
もうすでにこちらは解決済みでしょうか？
私も同じ問題に遭遇していました。
バイトオーダが関係するかと思い、試しにcccdのフラグ書込みを下記のようにしたところnotifyが飛んでくるようになりました。

let result = await cccd.writeWait([0x01, 0x00]);

私は上記の変更で解決しています。
ご参考まで。